Вести борьбу с революционным движением было призвано Губернское жандармское управление. По закону от 19 мая 1871 г. из общей подсудности были изъяты дела политического характера и переданы в Губернское жандармское управление (ГЖУ). Одним из наиболее известных политических процессов с участием охранного отделения был процесс над Желябовым и Перовской, народовольцами, убившими императора Александра II. Всем подсудимым был вынесен приговор: смертная казнь. Всего в группе «первомартовцев» (убийство было совершено 1 марта 1881 года) было 8 человек. 5 было осуждено, один погиб при покушении, другой застрелился при попытке ареста, а третья умерла в заключении.

Во время первой русской революции 1905 года состоялся судебный процесс над террористом, участником боевой организации эсеров Иваном Платоновичем Каляевым. Каляев обвинялся в убийстве московского генерал-губернатора великого князя Сергея Александровича Романова. За своё преступление, которое было организовано агентом Охранки Евно Азефом, эсер был приговорён к повешению. В зале заседания была направлена подсадная публика, чтобы дискредитировать революционера в глазах общественности. 23 мая 1905 года приговор был приведён в исполнение в Шлиссельбургской крепости.

Другой громкий политический процесс состоялся над убийцей председателя совета министров Петра Аркадьевича Столыпина в 1911 году. Самого убийцу, секретного сотрудника Охранного отделенияДмитрия Григорьевича Богрова, приговорили к повешению, а вот расследование в отношении замешанных должностных лиц велось медленно и окончилось практически ничем. Примечательно, что билет в театр Богрову был выдан главой Киевского Охранного отделения Николаем Николаевичем Кулябко.

Меня убьют, и убьют члены охраны. Ни одна из подпольных революционных политических партий не взяла на себя ответственность за совершенное убийство. Следственное дело было прекращено по личному указанию Николая II.